सोलहवीं शताब्दी के आरंभ में पुर्तगालियों ने सूरत बंदरगाह पर अधिकार कर लिया। उन्होंने शहर को लूटा और यहाँ के वैभव को नष्ट कर दिया। पुर्तगालियों के आक्रमणों से बचने के लिए सूरत के गवर्नर ख्वाजा सफर सलमानी ने 1540 ई. में छोटे पुराने किले के स्थान पर एक नया, मजबूत, ऊंचा और विशाल किला बनवाया, जो आज भी तापी नदी के होप ब्रिज के पास विद्यमान है। मुगल सम्राट अकबर स्वयं सूरत को जीतने के लिए यहां आए और डेढ़ महीने की घेराबंदी के बाद उन्होंने फरवरी 1573 में सूरत किले पर अधिकार कर लिया। मुगल काल में सूरत की जनसंख्या, क्षेत्रफल, व्यापारिक संबंध और समृद्धि में काफी वृद्धि हुई थी।